I dati certi sulla sua vita, al di là della leggenda, sono pochi. Soldato fiorentino, perdonò per amore di Cristo l’uccisore di suo fratello e divenne monaco di San Miniato. Dopo aver denunciato il proprio abate per simonia, abbandonò il convento alla ricerca di un nuovo monastero. Giunto a Vallombrosa diede origine, con altri monaci che avevano abbandonato S. Miniato, ad una comunità che si ingrandì col tempo. Accettata la carica di abate, Giovanni volle ritornare agli insegnamenti degli Apostoli, dei Padri della Chiesa e di San Benedetto, accentuando gli aspetti della povertà e del lavoro manuale.